Phòng Nghiệp vụ I phụ trách 04 đảng bộ trực thuộc: Đảng bộ Tuy Phong, Bắc Bình, Phú Quý và Quân sự tỉnh và 20 đơn vị thuộc khối Đảng, Mặt trận, đoàn thể, các Hội thuộc tỉnh được giao biên chế: Văn phòng Tỉnh ủy, Ban Tổ chức Tỉnh ủy, Ban Tuyên giáo Tỉnh ủy, Ban Dân vận Tỉnh ủy, Ban Nội chính Tỉnh ủy, Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy, Trường Chính trị, Báo Bình Thuận, Ban Bảo vệ chăm sóc sức khỏe cán bộ tỉnh, Ủy ban MTTQVN tỉnh, Liên đoàn lao động, Hội Liên hiệp Phụ nữ, Tỉnh đoàn, Hội Nông dân, Hội Cựu Chiến binh, Hội Văn học Nghệ thuật, Hội Đông y, Hội Chữ Thập đỏ, Liên minh Hợp tác xã, Liên hiệp các Hội Khoa học kỹ thuật.
Phòng Nghiệp vụ II phụ trách 03 đảng bộ trực thuộc: Đảng bộ Hàm Thuận Bắc, Hàm Thuận Nam, Phan Thiết và 14 đơn vị thuộc khối tư pháp, sự nghiệp, các cơ quan hành chính ngành dọc: Viện Kiểm sát Nhân dân tỉnh, Tòa án tỉnh, Thanh tra tỉnh, Cục Thi hành án Dân sự, Sở Tư pháp, Đài phát thanh truyền hình, Trường Cao đẳng cộng đồng, Trường Cao đẳng Y tế, Trường Cao đẳng nghề Bình Thuận, Kho bạc Nhà nước, Ngân hàng Nhà nước chi nhánh Bình Thuận, Cục Thuế tỉnh, Cục Thống kê tỉnh, Bảo hiểm xã hội tỉnh.
Phòng Nghiệp vụ III phụ trách 04 đảng bộ trực thuộc: Đảng bộ Hàm Tân, La Gi, Khối Doanh nghiệp, Công an tỉnh và 19 đơn vị thuộc khối các cơ quan hành chính Nhà nước: Thường trực HĐND, Văn phòng UBND tỉnh, Văn phòng Đoàn Đại biểu Quốc hội & HĐND tỉnh, Sở Nội vụ, Sở Kế hoạch và Đầu tư, Sở Tài chính, Sở Khoa học & Công nghệ, Sở Giáo dục & Đào tạo, Sở Lao động thương binh & Xã hội, Sở Văn hóa-Thể thao & Du lịch, Sở Thông tin & Truyền thông, Sở Y tế, Sở Tài nguyên & Môi trường, Sở Công thương, Sở Giao thông vận tải, Sở Nông nghiệp & Phát triển nông thôn, Sở Xây dựng, Ban Dân tộc tỉnh, Ban Quản lý các Khu công nghiệp tỉnh.
Phòng Nghiệp vụ IV phụ trách 04 đảng bộ trực thuộc: Đảng bộ Đức Linh, Tánh Linh, Khối các cơ quan, Biên phòng và 20 đơn vị thuộc khối các doanh nghiệp Nhà nước: Bưu Điện tỉnh, Viễn thông Bình Thuận, Điện lực Bình Thuận, Ngân hàng Đầu tư & Phát triển, Ngân hàng Nông nghiệp & Phát triển nông thôn, Ngân hàng Chính sách xã hội, Ngân hàng Phát triển Bình Thuận, Ngân hàng Công thương, Ngân hàng Ngoại thương, Công ty Bảo Việt Bình Thuận, Công ty Bảo Việt nhân thọ, Công ty TNHH MTV Công trình giao thông Bình Thuận, Công ty TNHH MTV Khai thác Công trình thủy lợi, Công ty CP cấp thoát nước Bình Thuận, Công ty TNHH MTV Xổ số kiến thiết Bình Thuận, Công ty TNHH MTV Lâm nghiệp Bình Thuận, Công ty TNHH MTV Lâm nghiệp Hàm Tân, Công ty TNHH MTV Lâm nghiệp Tánh Linh, Công ty TNHH MTV Lâm nghiệp Sông Dinh, Công ty TNHH MTV Công trình đô thị Phan Thiết.
Đối với các đảng bộ trực thuộc, các phòng nghiệp vụ tham mưu Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy tổ chức thực hiện nhiệm vụ theo Điều 32, Điều lệ Đảng: kiểm tra đảng viên, kể cả cấp ủy viên cùng cấp khi có dấu hiệu vi phạm tiêu chuẩn đảng viên, tiêu chuẩn cấp ủy viên và trong việc thực hiện nhiệm vụ đảng viên; kiểm tra tổ chức đảng cấp dưới khi có dấu hiệu vi phạm trong việc chấp hành Cương lĩnh chính trị, Điều lệ Đảng, nghị quyết, chỉ thị của Đảng, các nguyên tắc tổ chức của Đảng; kiểm tra việc thực hiện nhiệm vụ kiểm tra, giám sát và thi hành kỷ luật trong Đảng; giám sát cấp ủy viên cùng cấp, cán bộ diện cấp ủy cùng cấp quản lý và tổ chức đảng cấp dưới về việc thực hiện chủ trương, đường lối, chính sách của Đảng, nghị quyết của cấp ủy và đạo đức, lối sống theo quy định của Ban Chấp hành Trung ương; xem xét, kết luận những trường hợp vi phạm kỷ luật, quyết định hoặc đề nghị cấp ủy thi hành kỷ luật; giải quyết tố cáo đối với tổ chức đảng và đảng viên; giải quyết khiếu nại về kỷ luật Đảng; kiểm tra tài chính của cấp ủy cấp dưới và của cơ quan tài chính cấp ủy cùng cấp.
Đối với các đơn vị, các phòng nghiệp vụ tham mưu Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy: giám sát cán bộ thuộc diện Ban Thường vụ Tỉnh ủy quản lý về thực hiện chủ trương, đường lối, chính sách của Đảng, nghị quyết cấp ủy và đạo đức, lối sống theo quy định của Ban Chấp hành Trung ương; kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm tiêu chuẩn đảng viên, tiêu chuẩn cấp ủy viên và trong việc thực hiện nhiệm vụ đảng viên; xem xét, kết luận những trường hợp vi phạm kỷ luật, quy định hoặc đề nghị cấp ủy thi hành kỷ luật theo thẩm quyền; giải quyết khiếu nại về kỷ luật Đảng; giải quyết tố cáo đảng viên là cán bộ thuộc diện Ban Thường vụ Tỉnh ủy quản lý; tham gia về công tác cán bộ; khi cần thiết, kiểm tra đối với tổ chức cơ sở Đảng và tổ chức Đảng trực thuộc cơ sở Đảng theo Điều 32, Điều lệ Đảng.
Văn phòng cơ quan tham mưu thực hiện nhiệm vụ cấp ủy giao và công tác kiểm tra, giám sát theo điều 30 Điều lệ Đảng; tham mưu thực hiện nhiệm vụ của ngành chỉ đạo; tham mưu Thường trực Uỷ ban Kiểm tra Tỉnh ủy chỉ đạo điều hành các hoạt động của cơ quan Uỷ ban Kiểm tra Tỉnh ủy; tổ chức thực hiện công tác thông tin tổng hợp và công tác hành chính quản trị của cơ quan; tham mưu đề xuất Thường trực Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy về công tác tổ chức bộ máy cán bộ, công tác đào tạo, bồi dưỡng cán bộ, công tác thi đua, khen thưởng của cơ quan./.