Đơn thư khiếu nại, tố cáo của công dân gửi đến Thanh tra Chính phủ cũng được xử lý đáng kể. Tổng cộng trong quý 1-2009, Thanh tra Chính phủ đã xử lý 10.151 trong tổng số 10.353 đơn nhận được và năm 2008 chuyển sang. Qua xử lý, phân loại đơn cho thấy, chỉ có 2.858 đơn đủ điều kiện, chiếm 28,1% tổng số đơn xử lý; còn lại là đơn trùng lắp, đơn nặc danh, chiếm tới 71,9%.

Hiện nay, để đôn đốc việc giải quyết vụ việc khiếu nại tố cáo tồn đọng và kéo dài, Thanh tra Chính phủ đã ban hành kế hoạch phân công các đơn vị tập trung hướng dẫn, đôn đốc các địa phương tiến hành rà soát, phân loại các vụ việc cụ thể, có kế hoạch giải quyết các vụ việc tồn đọng, kéo dài.

Chính sự nỗ lực trên, trong quý 1-2009, các bộ, ngành, địa phương đã giải quyết 7.220 đơn thư khiếu nại, tố cáo. Qua công tác giải quyết khiếu nại, tố cáo, các cơ quan thanh tra đã kiến nghị thu hồi về cho nhà nước và khôi phục quyền lợi cho nhân dân với số tiền 11.545,9 triệu đồng và 147.358m2 đất, chuyển hồ sơ cho cơ quan điều tra để xử lý hình sự 3 vụ việc với 3 cá nhân.